我关闭 https://pac.eaimty.com 的一个原因就是其已在国内被限制访问了，而且我的PAC文件也是用genpac生成的，所以你遇到的问题应该不是PAC文件有问题。
是不是用genpac的时候写错了代理类型（是不是误写了HTTP？）或端口？
我没用过Ubuntu所以不太清楚“network proxy模式”，但是我在Debian下使用放在本地的PAC文件时也遇到过类似情况：
在/etc/enviroment中加入了：

auto_proxy="file:///PATH/TO/PAC"
AUTO_PROXY="file:///PATH/TO/PAC"

代理却没有生效。

我的解决方法是在本机上装个Nginx，用它listen一个端口serve本机上的PAC文件，并且设置开机自启，配置文件的server段如下：

server {
    listen       1081;
    server_name  localhost;
    location / {
        root      /PAC_FILE_DIRECTORY/;
        try_files /PAC_FILE /PAC_FILE;
    }
}

然后在/etc/enviroment中加入：

auto_proxy="http://127.0.0.1:1081"
AUTO_PROXY="http://127.0.0.1:1081"

之后PAC规则就生效了。
希望对你有帮助。